El único superviviente de los omeyas, Abd al-Rahman, se exilia al Magreb, zona por entonces refugio de todas las disidencias debido a su alejamiento de las capitales califales. Huésped de tribus bereberes junto a un puñado de aliados, Abd al-Rahman recaba apoyos entre las tropas sirias de al-Ándalus, hasta que en septiembre del año 755 desembarca en Almuñécar.

Con el apoyo del yund o ejército sirio de al-Ándalus, vence al gobierno de los abbasíes en la batalla de Al-Musara (756) y es nombrado emir por sus partidarios. Abd al-Rahman, llamado al-Muhāŷir ('el emigrante'), gobernará a la defensiva, esto es, pendiente de las conspiraciones de los partidarios de los abbasíes y otros grupos, particularmente los bereberes y los yemeníes, que se rebelarán varias veces entre los años 766 y 776. Abd al-Rahman se apoya en el ejército, que es aumentado en efectivos, y nombra para los cargos de la administración a personas de su confianza. Se rodea también de una guardia personal.

Al-Ándalus se hace así políticamente independiente, aunque Abd al-Rahman evitará hacer explícito su no reconocimiento del califa de Bagdad para mantener la apariencia de unidad en la umma o comunidad de musulmanes. A su muerte, al-Ándalus es un Estado totalmente estructurado. Le sucederán otros cuatro emires antes de que el país se independice también en el plano religioso, dando lugar al califato de Córdoba.

Será el emir Abd al-Rahman III, an-Nāsir, quien consume la ruptura con oriente proclamándose califa en el año 929, ya que de todas maneras la umma había quedado escindida por la creación, en Túnez, del califato chií de los fatimíes. Se proclamó califa basándose en distintos argumentos que dieron solidez a su decisión. Por un lado la familia era procedente de la tribu Quraysh, a la que pertenecía Mahoma y había frenado los intentos de los cristianos del norte de reconquistar al-Ándalus. Con ello, los omeyas consolidan su posición de poder y al mismo tiempo consolidan la posición del país en el exterior.

Tras la ocupación de Melilla en 927, a mediados del siglo x, los omeyas controlaban el triángulo formado por Argelia, Siyilmasa y el océano Atlántico. El poder del califato se extendía, asimismo, hacia el norte y en el 950 el Sacro Imperio Romano intercambiaba embajadores con Córdoba. En el norte de la península ibérica los pequeños reinos cristianos pasan a pagar tributo al Califato, soportando toda clase de imposiciones a cambio de la paz.^{[cita requerida]}

Esta es la etapa política de mayor esplendor, en la península ibérica, de la presencia islámica, aunque la misma durará poco tiempo ya que, en la práctica, su apogeo acaba en el 1010. Oficialmente, el califato continuó existiendo hasta el 1031, año en el que fue abolido como consecuencia de la fitna ('guerra civil') provocada por la posesión del trono entre los partidarios del último califa legítimo, Hisham II y los sucesores de su primer ministro o háyib, Almanzor. El final del califato dio paso a la fragmentación de al-Ándalus en diversos reinos conocidos como reinos de Taifas, y que fue causa de su declive favoreciendo la expansión de los territorios cristianos a sus expensas.

Tras la desintegración del Califato de Córdoba, el linaje de los omeyas se diluye lentamente en la población de al-Ándalus.

A finales del siglo xvi, el morisco granadino Fernando de Córdoba y Válor, descendiente de los omeyas, será elegido rey de los moriscos durante la llamada guerra de las Alpujarras, cambiando su nombre cristiano por el árabe Muhámmad ibn Umayya, que pasará a las crónicas como Abén Humeya. Muerto este por traición, le sucedió su primo Abén Aboo quien fue derrotado por D. Juan de Austria. Una vez derrotados se instalaron en el Reino de Valencia, donde aún se les permitía practicar el islam; prueba de esto es que la expulsión que tuvo lugar en 1609 fue materializada por la salida del puerto de Alicante de más de un millón de personas. Es muy probable que algunos omeyas de la línea de Muhámmad ibn Umayya existan aún en España bajo apellidos castellanizados como Omeya, Benjumea o Alomía.

Algunos genealogistas y arabistas piensan que el apellido castellano Benjumea y sus variantes (Benhumea, Benjumea, Benhumeda, Benumeya, Alomía, etc.) procede del árabe Ibn Umayya y por tanto sus portadores podrían ser descendientes de los omeyas.

El estandarte omeya era de color blanco.